Yayasan YAPHI berdiri di pihak masyarakat yang memperjuangkan hak-hak sipil politik dan ekonomi sosial budaya sebagai manusia yang memiliki persamaan hak di depan hukum. Yayasan YAPHI bekerja keras untuk mengatasi permasalahan ketidakadilan dan kekerasan yang berkembang di masyarakat dalam bidang Hak Asasi Manusia, Hukum, Demokrasi, Gender, Perlindungan Anak dan Lingkungan Hidup yang dilandaskan pada spirit nilai kebenaran, keadilan dan cinta persaudaraan. Kebenaran dipahami sebagai ketulusan, yaitu kesesuaian antara sikap batin dan tindakan. Kesesuaian antara sikap batin dan tindakan dalam konteks interaksi sosial tidak bisa lepas dari kesepakatan antara pihak yang “menguasai” dan pihak yang marjinal. Sehingga dalam praktek-praktek relasional sosial, kebenaran berarti “Kesepakatan” yang sudah dipahami dan disepakati secara sadar oleh kedua belah pihak dan dijalankan secara konsisten. – Keadilan itu menyangkut soal relasi. Menegakkan keadilan tidak lain adalah menegakkan kembali relasi yang memberikan hidup kepada mereka yang hidupnya ”dikurangi” karena ketidakadilan. Apakah setiap orang sudah diberikan haknya dan mereka melakukan kewajibannya. Ketidakadilan terjadi saat akses terhadap haknya ditutup sementara kewajibannya diperberat. Keadilan berarti ada keseimbangan antara pemenuhan hak dan kewajiban. – Cinta persaudaraan dimaknai sebagai sikap menghargai (to respect) sesama tanpa membeda-bedakan suku, agama, pilihan politik, dll.

Yayasan YAPHI sebagai lembaga mandiri dan nirlaba terpanggil untuk melakukan advokasi dalam upaya penegakan Hak Asasi Manusia (HAM) dengan mendorong perubahan perilaku yang koruptif, kolotif dan nepotisme menjadi demokratis, partisipatoris, akuntabel, mendorong perubahan sistem hukum yang tidak adil menuju sistem yang berkeadilan dalam hal produk penegakan, dan budaya hukum; mendorong perubahan sistem sosial yang eksklusif, patronis, feodal, apatis dan partisipasinya yang rendah terhadap penegakan keadilan, menjadi inklusif-pluralis, kritis, demokratis, memiliki daya juang dan partisipatif dalam mewujudkan tatanan sosial yang berkeadilan dan sejahtera.